Z chwilą podjęcia ostatecznej decyzji o złożeniu wniosku o dofinansowanie, Wnioskodawca zapoznaje się z dokumentacją konkursową, a następnie ustalenia szczegółową tematykę projektu, harmonogram i budżet, aby w kolejnym etapie złożyć wniosek. Ocena wniosku może być negatywna lub pozytywna. W przypadku pozytywnej Wnioskodawca podpisuje umowę o dofinansowanie i od tego momentu realizację projektu należy rozpatrywać w aspekcie merytorycznym i księgowym.
Kwestie merytoryczne realizowane są przez zespół badawczy. Obok osiągnięcia merytorycznego celu projektu, istotną kwestią jest prawidłowe jego rozliczenie zgodnie z wymaganiami. Kluczową wówczas rolę odgrywa każda z osób odpowiedzialnych za sprawy finansowe projektu.
Rozliczanie projektu to złożony proces sprawozdawczości i udokumentowania ponoszonych kosztów kwalifikowanych, niekwalifikowanych oraz proces monitorowania wskaźników zrealizowanego produktu w porównaniu do zapisów wniosku o dofinansowanie.
O ile realizacja projektu i jego rozliczenie wydają się procesem prostym i przyjemnym w sytuacji braku rozbieżności pomiędzy zapisami wniosku a stanem rzeczywistym, o tyle w praktyce bywa różnie. Bardzo często od momentu aplikowania do rozpoczęcia realizacji pojawia się szereg okoliczności, które finalnie prowadzą do osiągnięcia założonego celu projektu, ale z dostosowaniem się do obecnych warunków.
Rozliczając projekt mamy możliwość z skorzystania z szeregu możliwych rozwiązań w przypadku wystąpienia odchyleń. Cały system rozliczania projektu wiąże się ściśle z współpracą z Instytucją finansującą i z bieżącym jej raportowaniem postępów projektu w postaci wniosków o płatność, wniosków o zaliczkę, aneksów, wniosków o zmiany, raportów okresowych, sprawozdań GUS, promocji projektu itp. Wszystkie te działania odbywają się przy współpracy opiekunów danych projektów w Instytucji finansującej z przedstawicielami Beneficjentów. Warto podkreślić, że sposoby kwalifikowalności wydatków w projektach są szczegółowo określone dla każdego z programu osobno. Prawidłowe rozliczenie projektu wiąże się zatem z koniecznością prowadzenia księgowości w sposób zgodny z wymaganiami konkursu. Dla realizowanych projektów ważne jest prowadzenie wyodrębnionych kont analitycznych w systemie księgowo-finansowym oraz wyodrębnionego rachunku bankowego. Takie ujęcie umożliwia łatwiejsze monitorowanie wydatków, sprawdzenie poprawności zapisów na kontach czy przypisanie konkretnych operacji bankowych do zaksięgowanych pozycji.